2005年夏 市文物局給大高玄殿占用單位下發(fā)《責(zé)令限期整改通知書》，請求其在一年內(nèi)進(jìn)行整改。

　　2006年3月 文化部、國家文物局和市文物局與占用單位和諧。

　　2008年1月 國務(wù)院有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)出面召開和諧會，約請財(cái)政部、北京市政府、占用單位和故宮四方商談，提出最遲不超過2009年3月騰退的看法。

　　2009年3月 占用單位表現(xiàn)騰退面臨經(jīng)費(fèi)和劃撥土地等具體問題，大高玄殿未能按原打算騰退。

　　2010年6月 占用單位與故宮博物院簽訂《大高玄殿移交協(xié)議書》。

　　- 現(xiàn)場

　　違建擠占古建 臺基損毀嚴(yán)重

　　穿過高高的紅墻和京城著名的“三座門”，是一座破敗的院落，琉璃瓦頂也已沒有了光輝，隨地散落的雜物流露出撤離的痕跡。院子里擠著古建、違章建筑和若干雜物，在煤堆等物的常年積存下，古樹已近枯萎。

　　推開大高玄殿笨重的大門，灰塵的味道撲面而來，人走進(jìn)去，每一步都能帶起地上的塵土。在占用單位撤離前，這座古建被作為倉庫應(yīng)用。早期還用做禮堂，內(nèi)部搭建了一個(gè)舞臺和電影放映墻，四周刷著年代久遠(yuǎn)的標(biāo)語，好在屋頂和梁柱基礎(chǔ)保存了原樣。

　　臺基是大高玄殿損毀比較嚴(yán)重的部分，其正殿、后殿和一座兩層樓閣的臺基部分圍欄已被人為鋸斷。這座兩層樓閣是上圓下方形制，類似天壇的結(jié)構(gòu)，上名乾元閣，下名坤貞宇，樓閣西側(cè)的空地上，是個(gè)自建的羽毛球場地，臺基邊沿上的石制龍首排水口都已折斷。委員們認(rèn)為，這些排水口的損毀都是為了方便打羽毛球。