在衛(wèi)生和醫(yī)療教育部之下，各省醫(yī)學院的董事會也就成為第二級管理層，醫(yī)學院的醫(yī)院則為大城市居民提供有針對性的醫(yī)療服務。

　　在醫(yī)學院之下，為地區(qū)衛(wèi)生網絡。地區(qū)衛(wèi)生網絡負責管理地區(qū)衛(wèi)生中心、地區(qū)公立醫(yī)院、特別診所等機構。地區(qū)衛(wèi)生中心之下有農村醫(yī)療服務和城市醫(yī)療服務部門。

　　農村醫(yī)療服務的主要體現方式為醫(yī)療屋（Health House），也是農村地區(qū)患者首先就診的地方。醫(yī)療屋一般配有常用藥品、醫(yī)療設備、以及一男一女兩名社區(qū)醫(yī)務人員。這些社區(qū)醫(yī)務人員也被稱為Behvarzes，接受過兩年專業(yè)培訓，主要從事疫苗注射、婦幼保健、基本健康檢查等工作。

　　到2019年，伊朗農村地區(qū)共設立了超過1.8萬個醫(yī)療屋，駐有3.2萬名社區(qū)醫(yī)務人員，覆蓋了95%的農村人口。遇到醫(yī)療屋無法處理的病患，工作人員會將其轉至農村衛(wèi)生中心，農村衛(wèi)生中心無法處理則轉入地區(qū)衛(wèi)生中心。

　　城市中也設立了類似網絡，包括醫(yī)療站（Health Post）和城市衛(wèi)生中心。這一系統正是伊朗一直引以為傲的初級衛(wèi)生保健系統，被稱為“不可思議的杰作”。

　　該系統從1985年兩伊戰(zhàn)爭期間開始設立。除了讓農村居民享受免費基本醫(yī)療之外，也幫助伊朗大大降低了新生兒和孕婦死亡率。

　　伊朗約有8000萬人口，目前有超過74%生活在城市地區(qū)。與農村相比，城市的初級衛(wèi)生保健系統并沒有取得很好的效果，患者逐級轉院的機制并沒有得到有效落實。但城市的醫(yī)療資源更為集中，大部分公立醫(yī)院和幾乎所有私立醫(yī)院都位于城市地區(qū)。

　　伊朗的醫(yī)療機構主要分為三類：公立、私立和NGO。公立醫(yī)院負責從初級到三級也就是醫(yī)學院醫(yī)院級別的醫(yī)療服務，私立機構主要負責城市地區(qū)的門診醫(yī)療服務，NGO則針對兒童癌癥、糖尿病等個別疾病提供專門服務。

　　國防部、石油部、伊斯蘭革命衛(wèi)隊、提供社保服務的社會保障組織（SSO）等部門和機構還有自己的下屬醫(yī)院。到2018年，伊朗共有1117所醫(yī)院、13萬個床位、40萬名醫(yī)務人員。其中80%的床位都為公立醫(yī)院所有。

　　在醫(yī)療保險上，直到1994年，伊朗有超過60%人口都沒有任何醫(yī)療保險。但如今，不同職業(yè)背景的民眾都有不同的醫(yī)保系統。

　　獨立運行的社會保障組織（SSO）是最常用的系統，主要分為養(yǎng)老金和醫(yī)保兩部分，目前伊朗有52%的人口從社會保障組織中受益。

　　社會保障組織的醫(yī)保系統主要針對非政府部門雇員、自由職業(yè)者等就業(yè)人群及其家屬，保費由雇員、雇主和政府共同分攤。參保人在社會保障組織下屬的醫(yī)療機構就診時享受免費醫(yī)療，其他醫(yī)院和診所為部分報銷。最高時，公立醫(yī)院的住院費能報銷85%到90%。

　　政府工作人員和學生、軍人及家屬、農村居民則分別有不同的醫(yī)保計劃。2014年，總統魯哈尼推出“魯哈尼醫(yī)保計劃”以覆蓋沒有參加任何醫(yī)保的居民。到2017年，該計劃覆蓋了近1100萬人。

　　雖然覆蓋面有所擴大，但伊朗的醫(yī)保計劃也因其繁復和政府投入不均遭到了詬病。

　　世界銀行的數據顯示，伊朗2016年的衛(wèi)生總費用為360億美元，占到當年GDP的8.1%。經濟更發(fā)達的日本為10.93%、以色列為7.31%、沙特阿拉伯為5.74%，阿聯酋僅為3.52%。

　　伊朗衛(wèi)生總費用占GDP比重較高，盡管其中大部分為政府預算和醫(yī)保資金，但自付費用（out-of-pocket）依然占到了35.5%。

　　醫(yī)療旅游熱門地

　　在醫(yī)學研究和創(chuàng)新領域，美國康奈爾大學、歐洲工商管理學院和世界知識產權組織發(fā)表的《2019年全球創(chuàng)新指數：創(chuàng)造健康生活——醫(yī)學創(chuàng)新的未來》報告顯示，伊朗在近130個經濟體中排名第61位，高于沙特和卡塔爾。