南水北調東線工程重點在山東，關鍵在治污。據山東省環(huán)保廳介紹，南水北調東線治污工作涉及山東的９個市，涵蓋南四湖、東平湖、沂沭河、省轄海河等流域。自２００２年工程開工以來，山東在嚴格治理沿線污染物排放單位的同時，依托人工濕地水質凈化工程和退耕還濕，建設環(huán)湖沿河沿海大生態(tài)帶，削減面源污染，提高水體的修復和自凈能力。目前，山東省南水北調沿線已經建成人工水質凈化工程２３個，總面積達１０．６萬畝；修復自然濕地１４個，總面積達１１．８萬畝。

在北方最大的淡水湖微山湖新薛河人工濕地凈化工程示范區(qū)，濕地凈化作用使這個曾經受污染困擾的地區(qū)水生態(tài)環(huán)境不斷改善，區(qū)內植物種類已達５４種，鳥類達到２００多種，每年以濕地作為中轉遷徙地的候鳥有１００多萬只。據環(huán)保工作人員介紹，從目前運行效果看，濕地工程對水體氮、磷的去除率達在６０％以上，出水能夠達到三類水質要求。

按照山東省計劃，２０１２年底前山東調水沿線將實現水質穩(wěn)定達標的目標。

南水北調東線工程利用京杭大運河及與其平行的河道逐級引長江水北上，流經山東、河北至天津，工程一期規(guī)劃山東境內工程為南北、東西兩條輸水干線，形成“Ｔ”字形輸水大動脈。