過了奎文閣便是十三碑亭院，這里是孔廟的第六進院落。十三碑亭始建于唐代,元代添建二座,清代添建九座,亭內存有唐至民國碑刻50余塊,碑文多是皇帝對孔子追謚加封、拜廟新祭、派官致祭和整修廟宇的記錄，由漢文、八思巴文(元代蒙古文)、滿文等文字刻寫。整個碑亭布局南八北五，所以稱十三碑亭，因為都是經皇帝批準立的碑，因此又叫御碑亭。其中清康熙二十五年(1686年)所立的一塊石碑是最大的，碑重約35噸，加上馱碑赑屭共重約65噸。在當時條件下，這塊巨石采自北京的西山，能安然運抵千里之外的曲阜，實在令人驚嘆不已。凡是用赑屭馱的碑都稱“御碑”。“赑屭”是吉祥物，傳說龍王有九子，它是第8子，它愛“文”，善于負重，石碑有文字而沉重適合其特點，形象應為龍頭、龜身、鷹腿、蛇尾。東起前排第三、六兩個亭子是金代所建，是我國現(xiàn)存不可多見的建筑。此院東南西南還各有一片叢林似的碑碣，真草隸篆，風格各異，可謂集歷代書法流派之大成。另有幾座石碑從側面記載元末紅巾軍、明末劉六、劉七以及徐鴻儒等農民起義的情況，是研究中國農民革命史珍貴的歷史資料。